hpc:numericserveruser:software:namd:batch_job_script

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 +===== Example batch job script for NAMD runs =====
  
 +<code>
 +#!/bin/bash --login
 +#$ -N jobname_namd
 +
 +# job resources in Mebibytes
 +#$ -l mem_free=500M
 +
 +# wall clock time in HH:MM:SS
 +#$ -l h_rt=00:10:00
 +
 +# choose any host in cluster18
 +#$ -l cluster18
 +
 +# use five CPU cores at all
 +#$ -pe mp 5
 +
 +# ask for one GPU adapter card
 +#$ -l gpus=1
 +
 +#$ -cwd
 +
 +# mail sending options
 +#$ -o stdout.out
 +#$ -e stderr.out
 +#$ -j no
 +#$ -m b,e  
 +#$ -M [name_of_your_mailbox]
 +
 +
 +module load cuda/8.0 namd/2.12-cuda
 +namd2 +p 5 inputfile > outputfile
 +
 +</code>